《使命召唤13：无限战争》的主线战役共包含21个章节，分为序章、6大核心战役章节及穿插其中的"惩戒号"舰桥过渡章节。序章"威胁兴起"作为剧情开端仅占1关，后续主体战役则围绕"乌云蔽日""港口装甲行动""燃烧之水""漆黑矿井""灭迹行动"和"血色风暴"六大核心篇章展开，每章包含2至4个独立作战任务。惩戒号作为叙事枢纽，其4段过渡章节（如"浩劫之后""重归战场"）承担着战役衔接与角色发展功能，使总任务数达到21关。
战役结构采用"太空-地面"双线推进模式。太空作战章节如"直冲云霄""舰船突击-捕鼠行动"侧重飞船操控与零重力战斗，玩家需掌握护盾开启时机、主副炮切换及规避太空残骸等操作。地面章节如"民用空港中心""精炼厂"则强化传统步兵战术，依托掩体系统和精准射击机制应对重型单位。这种场景切换不仅体现在关卡设计上，更通过惩戒号舰桥章节实现叙事转场，例如"职责所在"衔接"燃烧之水"与"漆黑矿井"两大地面战役。
章节命名体系具有明确军事行动特征。"港口装甲行动"系列包含民用港、货港、登船小队三阶段渗透任务，"血色风暴"则通过特洛伊木马、重整队伍、孤注一掷等子任务构建最终决战。部分章节名如"灭迹行动"直接关联专家难度下的战术挑战，需依赖电磁手雷瘫痪机甲后攻击头部弱点。这种命名逻辑强化了战役的连贯性，使玩家可通过章节标题预判任务类型。
叙事节奏通过章节长度差异实现调控。关键转折点如"惩戒号-胜利的代价"仅单关篇幅，快速推进至"胡狼打击-灭迹行动"；而核心战役"漆黑矿井""血色风暴"则扩展至4关，容纳载具战、据点攻防等多层次玩法。21个章节总流程时长约12小时，其中飞船操控章节因操作复杂度较高可能占据30%以上时长。